Đảo Saltholm được ghi trong Sổ địa bạ của Vua Valdemar khoảng năm 1230. Trong sổ này ghi là nhà vua tặng đảo Saltholm cho giám mục giáo phận Roskilde là Niels.

Năm 1709, Saltholm được dùng làm trạm cách ly dịch bệnh trong thời kỳ dịch hạch. Mọi người nước ngoài muốn tới Copenhagen, phải lưu ngụ 40 ngày trên đảo này. Năm 1873 nhà nước bán đảo Saltholm cho các nông dân đảo Amager. Ngày nay khoảng 200 người làm chủ các lô đất trên đảo.

Đầu thế kỷ 20, Saltholm cũng được dùng làm cơ sở phòng thủ cho thành phố Copenhagen. Trong thế chiến thứ nhất đã có các súng đại bác và 2 đại đội pháo binh được bố trí trên đảo.

Trong các thập niên 1960 và 1970, người ta đã lập kế hoạch xây dựng một phi trường lớn trên đảo, nhưng bị dân chúng phản đối, và năm 1979 kế hoạch đó bị bãi bỏ.

Về tài nguyên, trên đảo có mỏ vôi và được khai thác để làm vữa khi tái xây dựng thành phố Copenhagen sau khi bị trận hỏa hoạn lớn trong thế kỷ 18. Việc khai thác này đã ngưng từ năm 1935.

Do đảo có các động vật và cây cỏ phong phú nên năm 1983, đảo đã được bảo tồn.